단일세포 분석 코파일럿
파이프라인 관리 없이 scRNA-seq 데이터를 처음부터 끝까지 분석합니다 — QC, 클러스터링, 주석, 궤적까지.
워크플로우
각 단계는 그래프를 생성합니다 — QC 바이올린 플롯, UMAP 임베딩, 마커 히트맵 — 항상 무엇이 일어났고 왜 그런지 확인할 수 있습니다.
| 단계 | 수행 내용 |
|---|---|
| 데이터 수집 | 카운트 매트릭스와 세포 메타데이터를 로드합니다 |
| 품질 관리 | 미토콘드리아 함량, 유전자 수, 더블렛 감지로 세포를 필터링합니다 |
| 정규화 | 로그 정규화 및 고변이 유전자 선택 |
| 배치 보정 | 배치 효과가 감지된 경우에만 적용 — 불필요하면 건너뜁니다 |
| 차원 축소 | PCA 후 UMAP 임베딩 |
| 클러스터링 | 조정 가능한 해상도의 Leiden 커뮤니티 감지 |
| 세포 유형 주석 | 문헌 인용이 포함된 마커 기반 주석 |
| 궤적 분석 | 세포 상태 전환을 추적하기 위한 의사시간 정렬 |
구축 방법
"Build a single-cell RNA-seq analysis copilot. Walks through QC, clustering, annotation, differential expression. Use Scanpy. Validate on PBMC 3k as a test case. Every step should produce a figure."
MorphMind가 전체 8단계 파이프라인을 생성하고 사용자가 자체 데이터를 실행하기 전에 실제 데이터셋에서 엔드투엔드로 검증했습니다.
챗봇보다 나은 이유
챗봇에 "내 단일세포 데이터를 분석해 줘"라고 하면 Scanpy 스크립트를 받습니다. 복사-붙여넣기, 실행, 디버깅 — 클러스터링이 잘못 보이면 처음부터 다시 시작합니다. 그게 문제입니다:
- 배치 보정이 실행되지 않았어야 했습니다 — 하지만 챗봇이 하나의 단일 스크립트를 주었기 때문에 알 수 없습니다. 정규화였나? 보정이었나? 해상도 파라미터였나? print 문을 추가하고 전부 다시 실행해야 합니다.
- 세포 유형 주석이 이상해 보입니다 — 하지만 QC와 클러스터링은 괜찮았습니다. 파이프라인 챗봇에서는 전체를 다시 실행합니다. 여기서는 다른 마커로 주석 단계만 다시 실행합니다.
- 지난주에 "항상 Louvain 대신 Leiden을 사용해"라고 말했는데 — 오늘은 다시 Louvain을 사용합니다. 챗봇은 선호도를 기억하지 않습니다. 워크플로우 에이전트는 기억합니다: 선호하는 알고리즘, 품질 임계값, 연구실의 명명 규칙.
| 문제 | 워크플로우 접근 방식 |
|---|---|
| 하나의 스크립트 — 클러스터링이 잘못되면 전부 재실행 | 각 단계가 독립적 — 클러스터링만 재실행 |
| 오류가 어디에 있는지 알 수 없음 | 모든 단계가 검사를 위한 그래프를 생성 |
| 매 세션마다 선호 파라미터를 잊음 | 규칙 유지: "실루엣 < 0.3이면 해상도 재조정" |
| 배치 보정이 항상 실행 | 조건부: 감지되고 생물학적으로 부적절한 경우에만 |
프롬프트 예시
Upload my 10X count matrix. What cell types are present?
Are there batch effects across my donors? If so, correct them and re-cluster.
Show me the top marker genes for each cluster and annotate the cell types.
Run trajectory analysis — how do cells transition from progenitor to mature state?
자주 묻는 질문
AI가 단일세포 RNA-seq 분석을 할 수 있나요?
네. 이 에이전트는 Scanpy 기반의 전체 파이프라인을 실행합니다 — QC, 정규화, 클러스터링, 주석, 궤적 — 각 단계가 시각적 결과물을 생성합니다. PBMC 3k 같은 실제 데이터셋을 바로 처리할 수 있습니다.
AI 생성 세포 유형 주석은 신뢰할 수 있나요?
에이전트는 문헌 인용이 포함된 마커 기반 주석을 사용합니다 — 각 레이블이 지원 근거에 연결됩니다. 별도의 검증 확인이 알려진 세포 유형 데이터베이스와 주석을 교차 참조하여 불확실한 호출을 표시합니다.
자동화된 scRNA-seq 파이프라인이란 무엇인가요?
사용자가 코드를 작성하거나 디버깅할 필요 없이 표준 단일세포 분석 워크플로우(필터링, 정규화, 클러스터링, 주석)를 실행하는 시스템입니다. 이 에이전트는 조종 가능성을 추가합니다: 대화를 통해 모든 단계의 파라미터를 조정할 수 있으며 변경 사항이 유지됩니다.